Bakom ligger oenigheter kring avgifterna på Föglölinjen och turlistan på Embarsundslinjen, något som resten av lagtingsgruppen enhälligt står bakom.
Rainer Juslin säger att beslutet att lämna lagtingsgruppen grott hos honom under en längre tid och att beslutet om linfärjorna blev avgörande.
– Jag måste ha rent samvete. Jag har ett starkt rättspatos och jag kan inte försvara regeringen, säger han.
Liberalernas gruppledare Simon Påvals beklagar Juslins avhopp men säger att tuffa beslut måste fattas under rådande ekonomiska omständigheter.
Juslin är den tredje ledamoten från regeringsblocket som lämnar sin lagtingsgrupp, efter att Veronica Thörnroos lämnat Centern och Mogens Lindén lämnat Socialdemokraterna.
– Personerna har förlorat sin största möjlighet till direkt påverkan och att vara med och ta besluten. Det är inte bra för lagtinget som institution att vi har de här avhoppen, säger Påvals.
Trots att Juslin lämnar lagtingsgruppen ämnar han inte lämna partiet.
– Men om partiet vill utesluta mig så är det upp till partiledningen, säger Juslin.
Artikeln har uppdaterats med kommentarer av Rainer Juslin och Simon Påvals.